Sekty są często mylone z tajnymi bractwami inicjacyjnymi. Różnią się one jednak od nich swą organizacją. Tradycyjnie zorganizowane tajne bractwa inicjacyjne działają dosyć elastycznie. Ich przywództwo jest kolegialne lub jednostkowe. Przywódca (szef, kapłan itp.) jest jednak wybierany przez organizację. Jeśli w wyborach wskazałby na siebie, mógłby zostać za to pozbawiony władzy i zastąpiony kimś innym. Ponadto, każdy członek bractwa uczestniczy w ogólnym planie. Nie ma manipulowanych, nie ma manipulujących: nie ma manipulacji.
Tymczasem współcześnie znane są dwa przypadki stopniowej, drastycznej przemiany, jaka może nastąpić wewnątrz ruchów inicjacyjnych. Pierwszy przykład dotyczy loży masońskiej – Propaganda Due (P2) – którą odnotowały kroniki sądowe w latach osiemdziesiątych i której rządzący zmierzali bardziej do stworzenia sieci wpływów mafijnych i politycznych niż do duchowego rozwoju grupy. Drugi przykład dotyczy Zakonu Świątyni Słońca, gdzie nauczanie o charakterze kryminalnym stopniowo zastąpiło rycerskie i inicjacyjne idee, sformułowane w trakcie tworzenia grupy.